国家开发银行设董事会和监事会，由董事会负责日常工作。董事会下设董事会办公室、审计部（同时向监事会负责）和高级管理层。高级管理层包括办公室、政策研究室、规划部、业务发展部、乡村振兴部、市场投资部、法律合规部、财会部、资金部、风险管理部、评审管理部、普惠金融部、信贷管理部、战略客户部、信息科技部、营运管理部、人力资源部、住宅金融事业部、国际金融事业部、住宅金融部、国际金融部、国际信贷部，国际合作一、二、三部，行业一、二、三、四部，以及直属机关党委、总务部、离退休干部工作部、研究院、开行党校、采购中心等部门。
